痰液是气管、支气管和肺泡产生的分泌物。痰液的病原体检验是确诊呼吸道、肺部感染和性质的依据之一。
可见少量上呼吸道正常菌群细菌。
常见的病原体有肺炎链球菌、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、白色念珠菌、肺炎支原体和呼吸道病毒。
为区分痰液中分离到的微生物是病原菌还是上呼吸道的正常菌群，一般需连续3次培养，如3次均为同一微生物，常作为病原菌；
如痰液中培养出结核分枝杆菌、放线菌、奴卡菌及嗜肺军团菌，具有临床意义；
如分离出流感嗜血杆菌、念珠菌、肺炎支原体等鼻咽腔正常菌群，则视微生物的数量进行判别。
寄生虫学检查：阿米巴滋养体见于阿米巴病；肺吸虫卵见于肺吸虫病：肺抱子虫卵见于肺抱子虫病。