结核杆菌检查是确诊肺结核最特异性的方法，痰中找到结核菌是确诊肺结核的主要依据。采取涂片检查法或细菌培养法。涂片抗酸染色镜检快速简便，在我国非典型分枝杆菌尚属少见，故抗酸杆菌阳性，肺结核诊断基本即可成立。除了痰液，尚可采取咽喉部分泌物、胸液、腹水、尿液、脑脊液、胃液、脓液、粪便等标本进行检验。
阴性。即涂片未找到抗酸杆菌，培养未检出结核分支杆菌。
检查结果为阳性者，即可诊断为结核菌感染，常见于各种结核病。
通过涂片检查到抗酸杆菌可初步诊断为结核病，同时应做结核分支杆菌培养，与其他分支杆菌的鉴别，如果培养出结核分支杆菌或PCR技术检测TB-RNA阳性即可确诊为结核病。