粪便显微镜检查是临床常规检查的主要内容，用于检查各种有形成分，如细胞、寄生虫、结晶、细菌、真菌。
白细胞：无或偶见/高倍镜视野。
红细胞：无/高倍镜视野。
上皮细胞：无或偶见/高倍镜视野。
巨噬细胞：无/高倍镜视野。食物残渣、肌纤维：少量。
脂肪小滴：少于6个/高倍镜视野。
粪便显微镜检查可协助诊断消化系统疾病。
1．白细胞增多：见于细菌性痢疾等结肠炎症等。
2．红细胞增多：见于肠道下段炎症或出血，如痢疾、溃疡性结肠炎、直肠息肉、结肠癌、急性血吸虫病等。
3．上皮细胞增多：见于假膜性肠炎、结肠炎等。
4．出现巨噬细胞见于细菌性痢疾、溃疡性结肠炎等。
5．食物残渣增多：见于慢性胰腺炎、胰腺功能不全、消化不良、各种腹泻、肠炎等。
6．结晶出现夏科-莱登结晶，见于过敏性肠炎。阿米巴痢疾。血晶见于肠道出血。